Partnership to Inspire, Transform and Connect the HIV Response (PITCH). Merupakan program advokasi kolektif melalui pendekatan kemitraan strategis dengan organisasi komunitas di tingkat nasional (Institute for Criminal Justice Reform), Jawa Barat (Puzzle Indonesia), Jawa Timur (GAYa Nusantara), dan Bali (Yayasan Kesehatan Bali dan GAYa Dewata).
PITCH bertujuan menciptakan kebijakan yang mendukung respon nasional terhadap HIV-AIDS dan pemenuhan hak-hak populasi yang menjadi kunci penanggulangannya, terutama LGBTI dan konsumen narkoba, sesuai dengan dokumen Indonesia Theory of Change. Bersama konsorsium International HIV/AIDS Alliance, Aidsfonds, dan Kementerian Luar Negeri Belanda, Rumah Cemara mengelola program ini untuk periode 2016-2020.
Harm Reduction Asia (HRA). Program ini dirancang sesuai dengan Indonesia Blueprint for Change berdasarkan situasi epidemiologi HIV dan konsumsi narkoba di Indonesia. HRA berfokus pada peningkatan manfaat layanan pengurangan dampak buruk konsumsi narkoba (harm reduction) di Indonesia melalui advokasi untuk kebijakan berbasis kesehatan masyarakat dan HAM serta peningkatan anggaran dan kualitas layanan bagi konsumen narkoba.
HRA dilaksanakan di tingkat nasional dan enam kota yaitu, Medan, Bengkulu, Denpasar, Mataram, Tangerang, dan Bandung. Program ini dikelola bersama Global Fund ATM Regional melalui India HIV/AIDS Alliance untuk periode 2017-2019.
Alliance Integrated Harm Reduction Programme (AIHRP). Adalah program lanjutan Community Action on Harm Reduction yang dikelola bersama International HIV/AIDS Alliance. AIHRP dilaksanakan dalam skala yang lebih kecil untuk periode 2016-2020.
Pada 2017, Yayasan Kesehatan Bali menjadi mitra kerja AIHRP untuk meningkatkan kualitas layanan pengurangan dampak buruk konsumsi narkoba di Kabupaten Badung dan Kota Denpasar, Bali. Pendekatan Community-Based Case Management diterapkan di kedua daerah tersebut sesuai dokumen AIHRP Project Rationale yang ditentukan di awal 2016.
Community Mobile Harm Reduction Management. Merupakan sebuah pendekatan inovatif yang bertujuan menjembatani konsumen narkoba suntik dengan layanan komprehensif termasuk layanan HIV yang berkelanjutan melalui aplikasi ponsel. Program ini diselaraskan dengan capaian utama program AIDS global, yaitu 90% orang mengetahui status HIV-nya, 90% orang dengan HIV mendapat layanan pengobatan HIV, dan 90% bertahan dalam pengobatan dan layanan HIV.
Dalam mengelola program ini, Rumah Cemara bekerja sama dengan Elton John AIDS Foundation untuk periode 2018-2020. Program ini akan dijalankan di empat daerah berdasarkan penjajakan prapelaksanaan program yang dijadwalkan Juni-Agustus 2018. Diharapkan, aplikasi ponsel yang dikembangkan dapat diterapkan pada layanan-layanan lain yang berkaitan dengan jaminan kesehatan nasional.
Pusat Perawatan Ketergantungan Narkoba. Rumah Cemara berawal dari sebuah program perawatan ketergantungan narkoba. Perawatan ketergantungan narkoba komprehensif di Rumah Cemara menggabungkan pendekatan medis, psikologis, dan sosial. Program dirancang berdasarkan kebutuhan tiap individu (tailor-made) baik untuk rawat huni maupun rawat jalan.
Pendekatan medis meliputi pemantauan kondisi fisik awal tiap pasien yang berkaitan dengan konsumsi narkoba serta kondisi medis lain seperti infeksi hepatitis, HIV, dan penyakit lainnya. Pendekatan psikologis mencakup pemulihan aspek-aspek psikologis yang terdampak termasuk gangguan jiwa akibat konsumsi narkoba dan perubahan perilaku. Pendekatan sosial meliputi peningkatan kemampuan mengatasi persoalan kehidupan bermasyarakat dan khususnya yang berhubungan dengan narkoba.
Sayangnya, karena tingkat keberhasilan perawatan penyakit ini hanya berkisar 40-60 persen, maka Rumah Cemara resmi menutup layanan ini pada 2019.